بخش آزمایشگاه تحت نظر متخصصین مربوطه (یک نفر کارشناس ارشد شیمی و یک نفر کارشناس ارشد مهندسی شیمی) اداره شده و آزمایشات توسط کارشناسان بخش، انجام می‌پذیرد. کلیه‌ی روش‌های به کار گرفته شده مطابق با آخرین استانداردهای موسسه‌های استاندارد Standard method, ASTM و … می‌باشد. آزمایشگاه آب و آتوپسی ممبران شامل بخش آب و فاضلاب و بخش آتوپسی ممبران می‌باشد.
در بخش آب و فاضلاب، آنالیز کامل شیمیایی اعم از کاتیون‌ها و آنیون‌های موجود در آب و هم‌چنین انعقادسازی و جارتست، توسط انواع پلی الکترولیت‌ها و کمک منعقد کننده‌ها انجام می‌گیرد.

– شناسایی نوع رسوبات انباشته شده در لایه‌های ممبران.
– تعیین روش‌های شستشو و از بین بردن رسوبات و پیشنهاد مواد شستشو دهنده‌ی مناسب.
– ایجاد شرایط مناسب برای جلوگیری از تجمع رسوبات و پیشنهاد ماده‌ی ضدرسوب مناسب.
– تعیین میزان اکسیدشدگی ممبران توسط کلر.
آتوپسی ممبران، شامل انجام تست‌های شیمیایی، جهت بررسی‌های کیفی، ظاهری و میکروسکوپی لایه‌های ممبران و انجام آنالیزهای طیفی به جهت نتایج کمی و کیفی حضور عناصر برروی لایه‌های ممبران می باشد.

– تشخیص رسوبات آهن(II)
– تشخیص حضور رسوبات آهن(III)
– تشخیص حضور رسوبات منیزیم کربنات/ کلسیم کربنات
– میزان اکسیدشدگی ممبران توسط کلر
– تشخیص صدمات و آسیب‌های فیزیکی ممبران
آنالیزهای انجام شده بر روی ممبران شامل افت وزن یا پرت حرارتLOI (Loss On Ignition)، طیف سنجی‌های مادون قرمز و طیف سنجی پراش انرژی پرتوایکس می‌باشد که هدف از انجام آنالیزهای فوق، تعیین مقدار مواد آلی در رسوبات انباشته شده بر روی لایه‌های ممبران و شناسایی ترکیبات آلی و تجزیه و تحلیل ساختاری یا خصوصیات شیمیایی نمونه رسوبات انباشته شده بر روی لایه‌های ممبران می‌باشد.
به این ترتیب آنالیزهای طیفی جهت تشخیص درصد عناصر مواد ارگانیک و غیرارگانیک بر روی لایه‌های ممبران انجام می‌گیرد و در نهایت پس از تشخیص نوع عناصر رسوب شده، مواد شستشو دهنده و آنتی اسکالانت‌های مناسب توسط کارشناسان بخش پیشنهاد می‌شود.