شستشوی میکروبی (ضد عفونی) سیستم چه در حال اجرا و چه به صورت آفلاین، یکی از پارامترهای مهم درسیستم‌های اُسمز معکوس است.

تمیز کردن موفقیت آمیز مِمبِران در درجه اول به ماهیت رسوب کننده بستگی دارد. قبل از انتخاب مواد شیمیایی جهت شستشو و طراحی فرآیند تمیز کردن، شناسایی صحیح رسوب یا گرفتگی بسیار مهم است.

انتخاب مواد ضد‌رسوب (آنتی اسکالانت) مناسب برای فراهم کردن شرایط عملیاتی بهینه پلنت‌های اُسمز معکوس آب‌دریا و آب‌شور بسیار مهم است.